El ingente patrimonio monumental riojano atesora elementos muy bien conservados y otros a los que el paso del tiempo, el olvido y la falta de financiación mantienen en estado ruinoso. En este último caso se encuentran los restos de la basílica de Santa María de Rute, en las proximidades de Ventas Blancas, cuyo estado de deterioro desmerece la importancia histórica que tuvo y su propia condición de Bien de Interés Cultural (BIC). Para colmo de males, las últimas tormentas han  agravado su situación al causar desprendimientos en los escasos muros y estructuras que siguen en pie.

La voz de alarma sobre los efectos de las copiosas lluvias sobre las ruinas, que han provocado que el dintel de una venta haya cedido y se hayan caído también piedras de  lo que queda de una pequeña cúpula, la ha dado Luis Santolaya, un vecino de esta pedanía del municipio de Lagunilla del Jubera y entusiasta defensor de la recuperación de este antiguo complejo religioso, en donde incluso trabajó como voluntario en los trabajos de excavación arqueológica que se llevaron a cabo en los años 70.

Y el guante para tratar de alertar sobre el riesgo de desaparición total de este enclave lo ha recogido la revista de cultura e historia logroñesa Lararium, que ha puesto en conocimiento de la asociación Hispania Nostra la situación en la que se encuentran los vestigios de la basílica con el fin de que los incluya en su Lista Roja, que recopila y divulga bienes patrimoniales en peligro de toda España, con el fin de concienciar a particulares y administraciones y tratar de impulsar su conservación y restauración.

Como describe el director de la revista Lararium, Bruno Calleja Escalona, en su solicitud a Hispania Nostra, las ruinas de la basílica se encuentran en un altozano sobre el río Leza, en una zona actualmente rodeada de viñedos. En su momento, en sus suelos aparecieron enterramientos de distintas épocas. Las ruinas de edificio, que se limitan a cimentación, un arco y parte de una bóveda de media naranja, se encuentran dentro de una finca de difícil acceso y flanqueada por maleza.

Enterramientos visigodos. La documentación disponible sobre Santa María de Rute confirma su antigüedad y relevancia histórica. Parece tener sus orígenes en una basílica visigoda, fechada entre los siglos VI y VII. De este primer periodo los restos son escasos, y entre ellos destaca un enteramiento de una mujer embarazada, siguiendo el ritual visigodo. 

Como detalla Calleja en su informe a Hispania Nostra, posteriormente la iglesia se transformó en un monasterio, lo que llevó acompañado la ampliación del edificio preexistente hacia el año 1162, para acoger a los monjes del Císter, que llegaron a tierras riojanas desde Sacramenia, en la provincia de Segovia. 

Sin embargo, aquellos religiosos pronto se trasladaron al cercano Monasterio de San Prudencio de Monte Laturce, en donde se asentaron en 1181. Con aquel traslado, Santa María de Rute perdió importancia paulatinamente y acabó transformado en una ermita, hasta su abandono final. Después, sus restos fueron usados como almacén de aperos de la finca. 

Curiosamente, el monasterio de San Prudencio de Monte Laturce, que sucedió a la primigenia comunidad cisterciense de San María de Rute y que también presenta un estado ruinoso, sí aparece en la Lista Roja de patrimonio en peligro de la organización Hispania Nostra, junto a otros bienes monumentales  riojanos, entre ellos el cercano castillo de Jubera. 

En los años 70 se realizaron unas excavaciones arqueológicas, que permitieron conocer mejor el lugar. Se desenterraron varios esqueletos humanos y escasos restos materiales, como monedas. 

Aunque en su día se colocaron unas señales informativas y unos carteles para facilitar el acceso a Santa María de Rute y a pesar de que los restos de este complejo religioso recibieron la declaración de Bien de Interés Cultural el 14 de abril de 1980, el estado de abandono es evidente en lo que muchos especialistas consideran una de las joyas del patrimonio religioso riojano.