El 29 de marzo de 1995, cuando se encontraba al frente del Gobierno regional el actual presidente del Consejo Consultivo, José Ignacio Pérez,  entraba en el Registro del Tribunal Constitucional (TC) un escrito del Consejo de Gobierno  de La Rioja interponiendo recurso contra la Ley de Acompañamiento de 1994 que recogía incentivos fiscales para el País Vasco y Navarra. La Rioja argumentaba que causaba perjuicios económicos por el denominado «efecto frontera» en las comunidades limítrofes a las forales, al no poder introducir medidas de efecto similar para contrarrestarlo.  En una sentencia del 25 de abril de 2002, el TCdaba la razón a La Rioja y declaraba inconstitucionales las vacaciones fiscales.

Esta sentencia constituía uno de los primeros éxitos de La Rioja en su lucha contra las medidas de carácter económico -ayudas a la inversión, o la reducción de tipos impositivos en algunos tributos- puestas en marcha por las diputaciones vascas que, sin embargo, no fue el único recurso ante el TC sobre esta materia.

El 26 de abril de 2010, esta vez bajo el Gobierno de Pedro Sanz, que se siempre se mostró muy batallador contra las normas tributarias vascas, se recurría el blindaje de las vacaciones fiscales -el propio Sanz presentó el recurso en la sede del TC- a las que puso fin  el Tribunal de Justicia de Luxemburgo. Este ha sido el primordial asunto por el que La Rioja ha recurrido al TC, aunque a lo largo de los más de 40 años de autonomía, el Consejo del Gobierno o el presidente han acudido a este órgano al menos en una decena de veces.

La más reciente se produjo en 2019, cuando el Gobierno Andreu recurrió contra le Ley de Protección de los Animales, aprobada por el Parlamento de La Rioja, que rechazó el TC al entender que el Ejecutivo no podía interponer un recurso contra el Legislativo.

El agua ha sido también materia de recurso -el plan hidrológico nacional y el Estatuto de Aragón  por la invasión de competencias den materia hídrica- o la ley de suelo junto a otras comunidades autónomas.

Por cierto que La Rioja ya ha acudido al TC sobre asuntos vinculados con Cataluña, en concreto, por varios artículos de la ley de reforma del Estatut de 2006 en materia de aguas o financiación.