Las agustinas ermitañas pueden presumir de ser las primeras monjas que se asentaron en Logroño. Sus orígenes se remontan a la baja  Edad Media, cuando se instalaron en la iglesia del despoblado de Torrijas o Torrillas, en el entorno de la cárcel, a la que se llamó Santa María de Los Lirios. Allí permanecieron hasta que en el Concilio de Trento se pidió recoger dentro de las ciudades a las órdenes religiosas que estaban extramuros. Por entonces, las agustinas ermitañas contaban con pocos recursos, por lo que se les entregó la antigua iglesia de San Pedro, que derribaron para construir un convento. Esa pionera orden femenina mantuvo discrepancias con sus vecinos, los monjes de La Merced, por la apertura de las ventanas de sus respectivos conventos en la calle Portales. La disputa fue tan seria que llegó hasta las altas instancias.

El convento de las agustinas sobrevivió a las desamortizaciones y permaneció en su emplazamiento hasta 1918. Pero ese edificio de Portales no era adecuado para el recogimiento que requerían las monjas por lo que en 1912 pidieron permiso para construir uno nuevo en el extrarradio. El Ayuntamiento les amenazó con derribar el convento al no reunir condiciones de habitabilidad y estar parcialmente en ruinas; y ordenó vallar parte del convento. 

Ante esta situación, las monjas buscaron nueva ubicación en la actual calle Marqués de Murrieta, con la construcción de un inmueble de nueva planta, más moderno y apartado del bullicio. La primera piedra se puso el 21 de diciembre de 1915 de forma solemne en un acto con autoridades políticas y religiosas. Fermín Álamo dirigió la edificación del nuevo convento, que en 1918 fue entregado a la comunidad. Sin embargo, la calma de los años transcurridos en ese lugar se truncó el 14 de marzo de 1936 cuando el convento fue incendiado por grupos radicales que terminaron con numerosos complejos religiosos de la ciudad. A raíz de ese asalto, las monjas se refugiaron en pisos y posteriormente en Pamplona. Ese mismo año, el Ayuntamiento les propuso regresar. Sin embargo, la reconstrucción del convento no llegaría hasta 1957, cuando se reabriría la comunidad y el recinto. La vida continuó en Murrieta hasta que en 1974 la orden decidió trasladarse a Oyón. En el solar que dejó libre el convento se levantaron bloques de viviendas.